El rechazo de los tejidos transplantados se produce como consecuencia de mecanismos inmunológicos de tipo celular( linfocitos, granulocitos y macrófagos), además de esta causa hay otra que se produce debido a la parte glucídica del glucocalix de la membrana plasmática.
Hay ciertas zonas del cuerpo que se denominan "privilegiadas" y en estas los injertos pieden prosperar durante un largo periodo sin que se produzca una respuesta inmunológica; un ejemplo seria las meninges y la cámara anterior del ojo donde no hay drenaje linfático.
El rechaze de un tejido puede ser hiperagudo que es aquel que se manifiesta en un periodo de horas o minutos después de realizar el transplante, en el cual se van a producir lesiones vasculares debido a la incompatibilidad de anticuerpos y antígenos y finalmente se destruirá el dejido incorporado. Por otro lado cabe destacar el transplante agudo el cual se muestra en un espacio de días o semanas pero puede ocurrir meses después si se suspende el tratamiento al inmunosupresor. Su origen está en mecanismos humorales y celulares y cuanto más rápido se de más se asemeja al hiperagudo. Al principio el tejido transplantado en el receptor tiene una vascularidad normal y un color típico pero progresivamente va a ir adquiriendo un color tumefacto lo cual provacará la pérdida del tejido. Finalmente esta el rechazo crónico que es aquel que se produce años después del acto quirúrjico y su origen es celular. Sus efectos son la obstrucción de las arterias las cuales se pueden convertir en cordones fibrosos provocando la pérdida de la función del órgano.